在工程建设领域，工程款的支付问题一直是承包方和发包方关注的焦点。有时，发包方会以工程存在质量问题为由拒绝支付工程款。那么，这种理由究竟是否合理呢？这需要根据具体情况来进行分析。
如果工程质量瑕疵发生在竣工验收前，一般情况下，发包人不得以此作为拒付到期工程款的理由。因为在工程尚未竣工验收时，工程质量是否合格尚未确定，不能直接以存在质量问题为由拒绝支付工程款。但是，如果承包人确有不能履行合同义务之虞，比如承包人资金链断裂、施工人员大量流失等，可能导致工程无法继续进行或无法达到质量要求，发包人可以主张不安抗辩权，暂时拒绝支付工程款，以保障自身权益。
一般情况：工程质量经竣工验收合格，工程质量问题通常不能成为发包人拒付工程款的理由，发包人应按合同约定支付工程款。因为竣工验收合格意味着工程质量符合合同约定和相关标准。即使发包人确有证据证明工程存在一些质量瑕疵，也应按工程质量保修的法律关系进行处理，而不能直接拒付工程款。例如，一些非主体结构的小裂缝、局部墙面不平整等问题，属于保修范围，发包人可要求承包人进行维修，但不能以此拒付工程款。
特殊情况：如果确实由于承包人的原因导致地基基础工程或主体结构质量不合格，那么发包人有权拒绝支付或减少支付工程款。因为地基基础工程和主体结构是工程的关键部分，其质量直接关系到建筑物的安全和使用功能。
修复后合格：如果工程质量经竣工验收不合格，应由承包人进行修复。修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人应按合同约定支付工程款，但修复费用应由承包人承担。这是因为承包人有义务按照合同要求完成合格的工程，修复不合格工程是其应尽的责任。
修复后仍不合格：修复后的建设工程经竣工验收仍不合格，发包人可行使先履行抗辩权，以此为由拒付工程款，承包人支付工程款的请求通常不会得到支持。此时，工程质量严重不符合要求，无法达到合同目的，发包人有权拒绝支付工程款。
如果建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用，工程质量问题一般不能成为发包人拒付工程款的理由，发包人应按合同约定支付工程款。根据相关法律规定，发包人擅自使用未经验收的工程，视为其放弃对工程质量的部分抗辩权。但是，承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
在实际处理这类纠纷时，证据是关键。发包人若主张工程质量问题，需提供充分的证据，如专业的质量鉴定报告、监理记录、与承包人关于质量问题的沟通记录等。而承包人则应保留好施工过程中的相关资料，如施工日志、材料采购凭证、验收记录等，以证明自己按合同要求进行了施工。总之，发包方以工程存在质量问题为由拒绝支付工程款，需要依据具体的工程状况、合同约定以及相关法律规定来综合判断其合理性。